Una catàstrofe d'escala i magnitud inigualables va aclaparar al planeta sencer. Aquest succés, que la història va classificar com a "Segon Impacte", va provocar la mort de la meitat de la població de la Terra i deixa clars vestigis de destrucció en nombrosos llocs del món. Quan la gent comença a pensar que la vida torna a ser mes tranquil·la i mundana, un noi de 14 anys, Shinji Ikari, arriba a Tòquio 3 convocat pel seu pare. Aquest serà el començament de la batalla definitiva entre Humans i Ángeles.