La història comença 14 anys després del Gairebé Tercer Impacte, el govern japonès decideix desmantellar NERV i arrestar al seu personal. Durant els 14 anys, diversos membres de NERV obtenen la seva llibertat i decideixen formar una organització anomenada WILL-I amb el suposat propòsit de netejar els mars. En realitat tracten d'aturar els plans de la nova NERV. Ikari Shinji es desperta i veu el que ell va provocar, tractant d'arreglar-ho, sense adonar-se del que això provocarà.