El protagonista, Shiki Tohno, va ser afectat per un greu accident en la seva infància. Va quedar greument ferit i es donava per mort. Però, degut a l'accident, Shiki fou enviat fora de casa Tohno, la seva casa. i fou assignat a casa d'uns parents de la família. Però, Shiki guardava un secret. Des de l'accident, té la capacitat de veure unes línies en les coses que l'hi permet trencar-les amb facilitat.
Shiki rep unes ulleres d'una noia que impedeix que Shiki pugui veure les línies de mort. Gràcies a això, Shiki pot dur una vida normal. Al cap d'un temps Shiki rep una carta. El cap de família Tohno, el seu pare, havia mort. Per ordre del nou cap de família, Shiki a de tornar immediatament. Em el camí cap a la casa dels Tohno, Shiki es troba amb una noia misteriosa...