Una agent especial de la patrulla temporal del segle XXX té una important missió: contactar amb la família Nohara. Per a això no se li ocorre altra cosa que introduir-se en el cos de Nevat i parlar amb ells per boca del gos de Shin chan.
Necessita que els Nohara l'acompanyin a l'època de les guerres civils a Japó, a l'any 1570. Un ésser desconegut intenta distorsionar el rumb de la Història: el món sencer i el present com ho coneixem corren un gran perill. Shin chan i la seva família són la nostra gran esperança. Però el viatge no està exempt de perills: si no assoleixen el seu objectiu es quedaran en el passat per a sempre.
En el segle XVI coneixen al jove Fubukimaru, senyor del castell de Kasukabe, que va perdre la seva família a les mans del sinistre Karakaka. Conta la llegenda que tres herois i un gos acudiran en la seva ajuda per a acabar amb el mal i rescatar a la seva germana. Així que, junts, inicien la marxa cap als dominis de Karakaka i els seus esbirros.
Els espera una gran aventura en la qual no falten samuráis i ninjas, lluites espectaculars, grans escenes d'acció i engendres mecànics. Com és habitual, Shin chan acaba convertit en la peça que decidirà la destinació del planeta. En un combat delirant contra el misteriós Karakaka i els seus engendros haurà de mostrar la seva habilitat amb la katana. Serà capaç de canalitzar els fets i evitar que la línia temporal quedi alterada per a sempre?