Un xaval anomenat Shinta és salvat per Hiko Seijuro i aquest li dóna el nom de Kenshin. Ell entrena Kenshin al camí de Hiten Mitsurugi Ryuu, una tècnica d'espasa sense rival. Quan la guerra civil s'intensifica, el jove Kenshin sent que el seu deure és ajudar a salvar persones. El que fa convertir-se en el més temut Hitokiri Battousai. En una nit de pluja, se li creua Motoko, una jove que li canviarà la vida.