Japó Feudal - Un temps de perill, intriga i decepció. Jubei és un ninja sense mestre que viatja pel món sol, llogant els seus serveis a aquells que tenen or... o per una causa que valgui la pena. Les seves temibles habilitats li han servit bé, però un pla secret per acabar amb el govern amenaça la seva vida errant i possiblement la seva vida.
Quan una petita vila sucombeix per una terrible plaga, un equip de ninges són enviats a invetigar, i s'adonen que no tot és com sembla. Emboscats, són aniquilats per un temible home monstre amb poders increïbles, deixant-ne només un de viu - la Kagero, una bonica dona ninja, que a qui toca pot portar la mort instantània. Jubei la salva d'un destí pitjor que la mort, i involutàriament es veu involucrat a la xarxa de conspiració. Aviat s'ha d'enfrontar al seu desafiament més gran, un enemic que no tem la mort, amb el poder de destruir el món d'en Jubei.