Un dia l'Hattori es presenta a la casa dels Mitsuba amb la finalitat de millorar com a ninja. Al principi només es mostra a en Kenichi, el fill dels Mitsuba però a mesura que passi el temps s'anirà mostrant davant de la resta de gent. L'Hattori es converteix en el millor amic d'en Kenichi a qui ajuda sempre. Cal dir que en Kenichi es pot considerar el pitjor alumne de l'escola. No és un mal noi, simplement és un sapastre, insegur d'ell mateix i amb poca dedicació estudiantil i esportiva. Aquest parell no estaran sols, sempre cal tenir en compte els pares d'en Kenichi, la Yumeko, en Shinzo, en Shishimaru i el mestre. Però cal que vigilin, perquè els ninges d'Iga, d'on prové l'Hattori, són enemics dels ninges de Koga, i ves per on, un d'aquests que es diu Kemumaki, se les tindrà amb l'Hattori més d'una vegada. Ara bé, no sempre són enemics i de vegades s'hauran d'ajudar. I aquí no acaba tot, les aventures de l'Hattori i els seus amics són molt més.