La trama té lloc al Japó l'any 2030 després de l'alça d'aquest país com imperi econòmic a causa del «miracle japonès» - reciclatge de residus nuclears- i segueix a l'organització de forces especials Secció 9 de Seguretat Pública, en particular a la seva segona d'abord, la Major Motoko Kusanagi, després l'Arimaki, líder de la secció.