Fate/Stay Night conta la història del Shirou Emiya, un mecànic aficionat que assisteix a l'escola Homurabara Gakuen en la ciutat Fuyuki. Fa deu anys, Shirou va quedar atrapat en un sinestre massiu que incinerà la seva família i va consumir una gran porció de la ciutat; Un home enigmàtic el va ajudar quan es trobava agonitzant , Kiritsugi Emiya, i decidí adoptar-lo. Es va identificar com a mac i li va contar el seu somni fallit de convertir-se en "Heroi de la justícia", un guardià de la humanitat que podria salvar toda vida en perill. Per petició de'n Shirou, Kiritsugu va intentar ensinistrar-li en l'art de la màgia, però Shirou no tenia prou traça per la majoria d'encanteris fonamentals. Quan Kiritsugu va morir, Shirou va dedicar la seva vida i la seva màgia a complir el somni del seu mestre.