Ha passat un any des del fracàs de la Rebelió Negra i la suposada mort d'en Zero. Britania ha assignat a l'Àrea 11 un estatud d'"educació correccional", on els Elevens són exemplaritzats per força bruta, per mirar de prevenir cap alçament futur i suprimir pensaments de rebelió.Sense sospitar del estudiant Lelouch, que ha oblidat el seu passat rebel com a Zero, cau en un esquema per la seva vida i la vida d'una misterisoa dona coneguda com a C.C., qui li revela el seu propòsit oblidat i el seu "veritable" jo.
Destruint als seus assaltants i declarant-se de nou Zero, en Lelouch surt per a acabar el que va començar.