La història segueix a l'Otonashi, un adolescent que perd els records de la seva vida després de morir. Al despertar a l'altra vida, coneix la Yuri, una noia que el convida a unir-se a la Shinda Sekai Sensen (SSS), una organització que es dedica a lluitar contra Déu, i que tindrà com a enemic l'Angel, la presidenta del consell de l'escola.