Eureka Seven és una història situada en un futur distant de la Terra, on els humans què s'hi van establir van patir un misteriós fenomen anomenat "Estiu de l'Amor". Alguns anys abans, però d'acord amb la història oficial, va ser aturat per un científic militar anomenat Adrock Thorston que va donar la seva vida per protegir la humanitat.
En Renton Thorston, el protagonista d'aquesta sèrie i el fill de l'Adrock, és un noi de catorze anys i té com a ídol en Holland, el líder d'un grup de mercenaris conegut com Gekko State, que aparentment són només un escamot independent que està enfrontat a un govern opressiu i bel·ligerant, però el seu objectiu real és aconseguir contactar amb els "Coralians", uns misteriosos éssers que també habiten aquest món, amb l'objectiu d'aturar la guerra que la Federació Unida té previst iniciar contra ells per aconseguir l'absolut control del planeta.
La història gira al voltant de l'entrada d'en Renton a Gekko State i la seva relació amb la misteriosa Eureka, una noia membre de Gekko State i pilot de l'LFO Nirvash typeZERO (L'LFO més poderós i el primer a ser descobert). Quan en Renton i l'Eureka piloten junts el Nirvash, potenciat amb el misteriós "Amita Drive", es torna pràcticament invencible i pot induir un fenomen que provoca una gran devastació caracteritzat per un arc de Sant Martí d'energia, conegut com "Seven Swell", "Fulgor dels Set Colors "o" fenomen de les Set Ones "